МОЛЕКУЛЯРНОЕ ПРОФИЛИРОВАНИЕ ОПУХОЛИ: ЖИДКОСТНАЯ БИОПСИЯ // ВЕБИНАР // ФОНД “ХОЛАНГИОКАРЦИНОМА“ // ХМЕЛЬКОВА Д.Н.

Вебинар “МОЛЕКУЛЯРНОЕ ПРОФИЛИРОВАНИЕ ОПУХОЛИ: ЖИДКОСТНАЯ БИОПСИЯ“ ДАРЬЯ НИКОЛАЕВНА ХМЕЛЬКОВА, руководитель отдела биоинформатического анализа, руководитель направления по онкогенетике ПАО “Центра Генетики и Репродуктивной Медицины “ГЕНЕТИКО“ 00:02:00 Вступление директора фонда 00:03:01 Приветствие Д.Н. Хмельковой 00:03:34 Генетика опухоли 1) возникновение опухоли вследствие поломок в генах 2) возможное разнообразие поломок (гетерогенность) в опухоли, в метастазах 3) возможные генетические отличия в опухоли при одном и том же виде рака у разных пациентов 00:05:44 Методы изучения опухоли: ПЦР, FISH, ИГХ, секвенирование по Сэнгеру, масс-спектрометрия - тестирование отдельного гена 00:06:13 Метод изучения опухоли NGS - тестирование одновременно многих генов на много поломок 00:06:24 Разнообразие биоматериала для изучения опухоли ЧТО ТАКОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ 00:07:03 Первый метод секвенирования - по Сэнгеру (1977г) исследует фрагмент (участок) гена 00:07:21 Англ. “sequence“ - последовательность ➡️ секвенирование - изучение последовательности нуклеотидов в гене 00:07:48 Отличие NGS от секвенирования по Сэнгеру: NGS - прорывной метод, позволяющий тестировать панель генов 00:08:29 NGS = Next Generation Sequencing (перев. с англ. “секвенирование следующего/нового поколения“) 00:08:50 Другое название NGS: MPS = Massive Parallel Sequencing (перев. с англ. “массовое параллельное секвенирование“) 00:09:29 Как устроена ДНК, ее роль и 4 буквы (нуклеотида), обеспечивающих запись всех “инструкций“ в организме 00:10:40 NGS позволяет расшифровать геном человека около 3 млрд. пар букв = 1200 романов “Война и мир“ 00:11:28 Как это работает: что происходит во время NGS 00:13:26 Преимущества NGS 1) возможность тестировать одновременно много генов на много поломок 2) возможность выявления редких, неописанных поломок 3) возможность выявления поломок, не типичных для данного вида рака 4) возможность определения комплексных биомаркеров: - уровень микросателлитной нестабильности (MSI) - уровень мутационной нагрузки в опухоли (TMB) - уровень дефицита гомологичной рекомбинации (HRD) 5) высокая чувствительность (точность) по сравнению с отдельными другими методами 00:17:05 Ограничения NGS: сложность, стоимость, сроки выполнения 00:17:30 Развитие NGS: сокращение стоимости и сроков ПАНЕЛИ NGS В ОНКОЛОГИИ 00:18:50 Какие бывают: небольшие и большие 00:19:24 Небольшие панели: 50-100 генов, включены только УЧАСТКИ генов (там чаще возникают поломки в опухоли) 00:19:33 Большие панели: 300-600 генов, включены гены ЦЕЛИКОМ 00:19:41 Большие и небольшие панели: стоимость отличается, но и получаемая информация тоже СУЩЕСТВЕННО отличается ЖИДКОСТНАЯ БИОПСИЯ 00:20:22 Разные методы тестирования, в т.ч. NGS 00:20:39 Поиск поломок в опухоли, используя биологические жидкости пациента (кровь и другие) 00:20:54 Как это происходит: на примере крови как биоматериала 00:22:18 Изучает - циркулирующие опухолевые клетки - циркулирующая опухолевая (внеклеточная) ДНК - НАИБОЛЕЕ ЧАСТО В ПРАКТИКЕ - циркулирующая опухолевая РНК - экзосомы, везикулы, белки - другое 00:23:02 БИОМАТЕРИАЛЫ - кровь/плазма - моча - спинномозговая жидкость - слюна - желчь - асцитная жидкость - другое 00:23:30 ПОКАЗАНИЯ / ПРИМЕНЕНИЕ 1) необходимость подбора терапии при недоступности ткани опухоли 2) необходимость подбора терапии при наличии нескольких очагов (возможность получения профиля одновременно всех очагов: первичного и метастазов) 3) мониторинг рецидивов, динамики: после операции или лекарственной терапии 4) мониторинг резистентности к терапии 5) ранняя диагностика (в будущем, пока нет в широкой практике) ИНФОРМАТИВНОСТЬ 00:28:25 Кровь/плазма: исследование у 21 807 пациентов с разными видами рака и распространенным процессом (2018г) 00:28:40 Холангиокарцинома: в более 80% случаев удалось найти поломки при распространенном процессе 00:29:42 Холангиокарцинома: исследование у 1726 пациентов (2024г) 00:30:14 Холангиокарцинома: гены, в которых удалось найти поломки (2024г) 00:31:03 Желчь: холангиокарцинома, исследование 69 образцов (2021г) 00:32:27 Асцитная жидкость: опухоли ЖКТ (пищевод, желудок, поджелудочная железа, кишечник), 45 образцов (2022г) КЛИНИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ 00:33:49 Зарубежные NCCN по раку желчевыводящей системы ОТВЕТЫ НА ВОПРОСЫ 00:34:31 Тестирование желчи и асцитной жидкости в России 00:36:17 Доставка биоматериала для жидкостной биопсии 00:42:42 Момент забора крови для жидкостной биопсии во время терапии 00:47:03 Тестирование РНК 00:55:01 Определение концентрации ДНК и чувствительности к препаратам 00:59:51 Вопрос от пациентки с РМЖ 01:04:54 Гетерогенность опухоли, метастазов и жидкостная биопсия 01:08:19 Рост отдельных очагов и жидкостная биопсия 01:09:45 Возврат к ранее эффективной таргетной терапии 01:15:05 Какой метод лучше для MSI: ИГХ, ПЦР, NGS 01:20:31 Обновление ранее выпущенного отчета NGS 01:25:12 Ограничения небольших панелей NGS 01:31:24 Наследственные риски рака 01:40:10 Заключение