Белковый дизайн — технология будущего — 8-я лекция курса «Новости комп. моделирования биосистем»

Еще 15 лет назад никто и помыслить не мог о том, чтобы создать «с нуля» новый белок — такой, которого никогда не было в природе, но выполнявший бы важную (и тоже новую) функцию. А между тем прямо сейчас мы наблюдаем уже второе рождение этой отрасли — «физические» алго-ритмы если не заменяются, то существенно дополняются нейросетевыми подходами. Что же мо-жет белковый дизайн сегодня? Создавать белки с новыми типами укладки, не виданными ранее в структурной биологии? Внедрять в них активные сайты, превращая в уникальные ферменты? «Гал-люцинировать» гигантскими «белковыми колесами»? Создавать «байндеры» к заданным белко-вым мишеням — прототипы лекарств и вакцин? Всё это и не только — смотрите в заключительной серии курса «Новости компьютерного моделирования биосистем». Статьи, упомянутые в лекции (кроме «классики»): 1. Design of protein-binding proteins from the target structure alone () 2. Computational design of transmembrane pores () 3. Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN () 4. Hallucinating symmetric protein assemblies () 5. Scaffolding protein functional sites using deep learning () 6. Broadly applicable and accurate protein design by integrating structure prediction networks and diffusion generative models () 7. 8. Первая лекция цикла: 9. Вторая лекция: 10. Третья лекция цикла: 11. Четвертая лекция цикла: 12. Пятая лекция цикла: 13. Шестая лекция цикла: 14. Седьмая лекция цикла: Оглавление: 0:00 Введение 0:24 Небольшое введение в Розетту и историю вопроса 9:51 План лекции 12:31 «Классические» примеры белкового дизайна 25:35 «Универсальный» дизайн белков-«байндеров» 39:55 Дизайн трансмембранных белковых пор 43:53 ProteinMPNN: нейросетевой дизайн белков 1:00:38 Белковые галлюцинации 1:08:36 Нейросетевой дизайн активных сайтов в белках 1:24:23 RoseTTAFold Diffusion — обзор препринта