Взаимодействие системы ингибитор-энзим. Проект GPUGrid.

На видео отображены 5 различных симуляций процесса взаимодействия системы энзим-ингибитор (а конкретно trypsin-benzamidine). Относительно малая молекула ингибитора свободно плавает вокруг, взаимодействуя с поверхностью энзима, пока не найдет для себя естественную полость. 1000 траекторий взаимодействия было отснято в проекте GPUGrid. В ходе эксперимента были вычислены энергии и скорости взаимодействия, а также найдены несколько второстепенных зон на поверхности молекул, которые косвенно участвуют в реакции. Published by Buch I., Giorgino T. and De Fabritiis G., PNAS (2011) -