Во время инцидента на Черной Мезе, Корпус морской пехоты США сержант Митчелл Шепард (Мик Лауэр), входящий в боевое подразделение по борьбе с опасными средами (HECU), направляется со своим отделением в исследовательский центр Черной Месы, чтобы скрыть инцидент и убить Гордона Фримена, исследователя Черной Месы, сопротивляющегося операции сокрытия. Внезапно человек в костюме HEV, предположительно Фримен, устраивает засаду, убивает членов отряда Шепарда и тяжело ранит его самого. Шепарда вылечили и доставили в больницу в соседнем Альбукерке, Нью-Мексико; перед тем, как он теряет сознание, к Шепарду подходит G-Man (Рик), который загадочно обещает ему награду - “авторитет, мощь и время“ - в обмен на убийство Фримена, “когда придет время“.
Когда Шепард приходит в себя, он обнаруживает заброшенную больницу и узнает, что на Землю вторгся Синдикат. Шепард пробивается из больницы через Альбукерке, по пути встречаясь с Национальным гвардейцем Алексом (Александр Белтман) и агентом секретных операци