«Доктор Айболит» — гепталогия, созданная режиссёром Давидом Черкасским по заказу Государственного комитета СССР по телевидению и радиовещанию, о докторе Айболите по мотивам произведений Корнея Ивановича Чуковского «Айболит», «Бармалей», «Доктор Айболит», «Тараканище», «Муха-Цокотуха», «Краденое солнце» и «Телефон».
Добрый доктор по фамилии Айболит бескорыстно лечит зверушек.
Злой разбойник Бармалей, именем которого давно пугали детей, сидит в тюрьме под охраной Гиппопотама, но его товарищи, такие же разбойники, как и сам Бармалей, помогают своему главарю сбежать из тюрьмы. Однако, одна из стен тюрьмы падает и рушится из-за тяжести Бармалея. Гиппопотам проникает на корабль и старается выведать коварные планы злодеев, но те случайно сбивают его дверью, и он проваливается в бочку.
В это время Варвара, сварливая сестра Айболита, уходит от брата, поскольку не любит зверей. По воле случая она попадает на пиратскую шхуну и объединяется с шайкой Бармалея. В это время Гиппопотам очнулся, вышел из бочки и зашёл в каюту, в которой ранее были пираты.
Прибыв в Африку, разбойники устраивают для зверей трагикомическую оперу о Мухе-Цокотухе и раздают страшное, тайно начинённое ядами и заражённое различными инфекциями, угощение, из-за которого животные быстро заболевают. Пираты интернируют и без того ослабевших животных и создают для них нечто среднее между звероводческим комплексом и концлагерем. Гиппопотам, который всё это видел, звонит в Ленинград Айболиту.
Доктор Айболит с друзьями — попугаем Карудо (который также выступает рассказчиком), собакой Аввой и совой Бумбой — отправляются в путь, до Лимпопо им помогают Кит и Орлы. Тогда Бармалей вместе с Болдуином избавляется от Гиппопотама, выбрасывая его в болото, и приказывает Крокодилу проглотить солнце, чтобы Айболит в темноте сбился с курса. Но даже это не остановило Айболита — он всё равно прибывает в Лимпопо и лечит всех зверей. Медведь вызывает Крокодила-обидчика на бой и побеждает его: солнце вылетает из его пасти прямо на небо.
Разбойники ещё некоторое время пытаются запугать зверей Тараканом, но его клюёт Воробей. Бармалей, наконец, сдаётся, когда его съедает пострадавший в шестом фильме Крокодил. Айболит и звери решают помиловать злодея и берут его в далёкий Ленинград. Перевоспитавшиеся пираты и Варвара тоже уезжают с ними.