Сюжет Mega Man 6 происходит после событий Mega Man 5. Для того, чтобы предотвратить постоянные атаки Доктора Вайли, был сформирован Глобальный Альянс Роботов и спустя год начинают проводиться соревнования с целью выявить самых сильных из роботов-миротворцев. Организатором турнира становится человек, о котором известно лишь, что его зовут «Мистер Икс» и что он является главой «Фонда Икс». Пацифист Доктор Лайт решает не участвовать в соревновании, но посылает Мега Мена с тем, чтобы наблюдать за происходящим. Перед началом состязаний, Мистер Икс заявляет, что он перепрограммировал восемь сильнейших роботов-участников, среди которых Близзард Мэн, Центавр Мэн, Флейм Мэн, Найт Мэн, Плант Мэн, Томагавк Мэн, Винд Мэн и Ямато Мэн для того, чтобы захватить мир и сообщает Мега Мену, что он манипулировал Доктором Вайли с самого начала. После этого Мега Мен и Раш решают расстроить планы Мистера Икс, для чего Мега Мен разрушает восьмерых роботов и проникает в замок Мистера Икс. Мега Мэн побеждает злодея, который оказывается замаскированным Доктором Вайли. Злой учёный сбегает в другую крепость, но Мега Мэн нагоняет его и снова одерживает победу. Игра заканчивается тем, что Доктор Вайли наконец-то предстаёт перед правосудием и отправляется в тюрьму.