Сюжет разворачивается вокруг замка Вольфенштайн. Здесь находится секретный документ, в котором раскрыто местонахождение Вильгельма Штрассе - «Черепа». Эта бумага находится у археолога Хельги фон Шаббс. Пока герои пытаются выкрасть папку, они попадают в плен к солдатам СС, в частности, к штурмбанфюреру Руди Йегеру. Руди тренирует собак, позже скармливает их рецидивистам. Наших героев приговорили к смерти после допроса. Би-Джей вырывается из решетки и убивает несколько охранников, обезоруживает Руди, а после этого ищет выход для освобождения Ричарда. Ключевая задача — достать документ — остается первостепенной. Герой будет биться не только с нацистами и их собаками, но и киборгами их альтернативной вселенной игры.