8 октября 1998 года, по инициативе директора ФСБ России Владимира Путина создан Центр специального назначения ФСБ России путём объединения в единый коллектив подразделений специального назначения органов безопасности. Решение об образовании Центра было обусловлено нарастающей угрозой распространения международного терроризма и экстремизма.