Дочь известного российского политика Елены Мизулиной.
Родилась 1 сентября 1984 года в Ярославле.
В 2010 году окончила МГУ им. Ломоносова.
После окончания вуза Мизулина решила заниматься общественной деятельностью. Она консультировала политиков по вопросам взаимодействия со СМИ, а вскоре начала работать в фонде «Правовая столица», где заняла позицию управляющей.
В 2017 году её назначили директором «Лиги безопасного интернета». Эта организация занимается противодействием распространению интернет-контента, не соответствующего российским законам, особенно среди детей и подростков.
В 2021 году Екатерина Мизулина стала членом Общественной палаты РФ.