Сюжет базируется на приключениях четырёх молодых героев — Фириона, Марии, Гая и Леона, чьи родители были убиты во время вторжения армии империи Паламеция. Игра начинается сразу же с нападения чёрных рыцарей империи. Четвёрка оказывается павшей в неравном бою, после чего Фирион, Мария и Гай оказываются в Альтаире — штабе повстанцев, собирающих силы против империи, а судьба четвёртого героя остаётся неизвестной. Три героя присоединяются к повстанцам, добывают легендарный мифрил, уничтожают военный корабль Империи, отвоёвывают город Финн, овладевают великой магией Ультима и в результате убивают Императора Паламеции. Но после его свержения на его место становится новый правитель — Леон, ставший за это время тёмным рыцарем. В момент встречи трёх героев и Леона внезапно появляется прежний Император, восставший из мёртвых и свергает Леона с поста правителя Империи. Тройка героев и Леон вновь воссоединяются, чтобы победить Императора. В поздних переизданиях игры также есть дополнительная история, открывающаяся после завершения игры. По сюжету этого бонусного сценария некоторые второстепенные персонажи, погибающие в ходе основной истории, противостоят альтернативной интерпретации императора.
00:00 Путешествие
01:43 Деревня(Замок) “Финн“
09:26 Смерчь - Э1
10:26 Смерчь - Э2
11:25 Смерчь - Э3
12:46 Смерчь - Э2
13:23 Смерчь - Э1
13:51 Смерчь - Э2
13:55 Смерчь - Э3
15:35 Смерчь - Э4
17:54 Смерчь - Э3
18:25 Смерчь - Э4
19:08 Смерчь - Э5
19:15 Смерчь - Э6
31:29 Смерчь - Э7
32:07 14.БОСС “ИМПЕРАТОР“
36:05 Замок(Деревня) “Финн“
40:41 Путешествие
42:14 Замок Паламеция - Э7
43:10 Замок Паламеция - Э1
46:12 Замок Паламеция - Э2
50:53 Замок Паламеция - Э3
52:29 Замок Паламеция - Э4
57:37 Замок Паламеция - Э5
58:03 Замок Паламеция - Э6
1:00:20 Замок Паламеция - Э7
1:02:32 Замок Паламеция - Э6
1:04:00 Замок Паламеция - Э5
1:05:11 Замок Паламеция - Э6
1:06:33 Замок Паламеция - Э7
1:07:10 Замок Паламеция - Э8
1:08:30 ЗАСТАВКА - “ИМПЕРАТОР“
1:10:05 Замок(Деревня) “Финн“
1:15:43 Путешествие
1:16:39 Нефритовый проход - У1
1:18:32 Нефритовый проход - У2
1:22:38 Нефритовый проход - У3
1:28:34 Нефритовый проход - У4
1:29:02 Нефритовый проход - У5
1:31:34 Нефритовый проход - У6
1:34:18 Пандемониум - Э1
1:36:49 Пандемониум - Э2
1:39:10 Пандемониум - Э3
1:40:05 Пандемониум - Э4
1:40:32 Пандемониум - Э5
1:43:02 Пандемониум - Э6
1:43:46 Пандемониум - Э7
1:46:04 Пандемониум - Э8
1:50:03 Пандемониум - Э9
1:51:23 Пандемониум - Э10
1:53:29 15.БОСС “ИМПЕРАТОР“
1:54:50 ФИНАЛ