Soul Blazer обозначил в своем сюжете множество тем, которые так или иначе были раскрыты в Иллюзии. Идея о перерождении душ, примеры самопожертвования, роль дружбы во вселенной - все это проходит лейтмотивом через всю трилогию.
Сюжет погружает нас в мир, когда в людях проснулась страсть к исследованиям. Мир стремительно развивался, древние развалины привлекали путешественников, которые пытались разгадать старинные тайны. Монументальные сооружения по всему миру, забытые территории и заброшенные поселения представляли собой загадку - что же именно произошло с прошлым миром, что он превратился в современность? Одна из экспедиций попыталась разгадать тайны Вавилонской башни и пропала без вести. Произошла таинственная катастрофа, в результате которой все члены команды погибли. В живых остался только сын одного из исследователей. Он не помнит, как вернулся в родной город, но в руках у него была флейта, унесенная из сундука Вавилонской башни. Как выяснилась позже, эта флейта дарует ему странные способности.